| |
|
|
| Registros recuperados : 38 | |
| 5. |  | TORRES FILHO, J.; NUNES, G. H. de S.; CAVALCANTI, J. J. V.; COSTA FILHO, J. H. da; COSTA, G. G. Caracterização morfológica de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Caatinga, Mossoró, v. 22, n. 3, p. 174-181, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
|    |
| 6. | | LOCATELLI, M.; GONÇALVES, E. L.; MARTINS, E. P.; MARCANTE, P. H.; COSTA, G. G.; REIS, M. C. dos. Avaliação das características do solo em uma recuperação de mata ciliar no município de ouro preto d'oeste, Rondônia. In: REUNIÃO DE CIÊNCIA DO SOLO DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 2., 2014, Porto Velho. Anais... Porto Velho: Núcleo Regional Amazônia Ocidental da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. p. 17-22. 5 p.| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
| |
| 7. | | SILVA, J. M.; NUNES, G. H. de S.; COSTA, G. G.; ARAGAO, F. A. S. de; MAIA, L. K. R. Implicações da interação genótipos x ambientes sobre ganhos com a seleção em meloeiro. Ciência Rural, Santa Maria, v. 41, n. 1, p. 51-56, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
| |
| 10. | | NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 12. | | SILVA, M. J. da; CARDOSO, K. C.; COSTA, G. G. L.; MOREIRA, R. C.; CAMPOS, F. A. de P.; DUMONT, G. B.; PAPES, F.; YUNES, J. A. Genes relacionados à biossintese de ácido graxos em sementes em desenvolvimento de Ricinus communus L. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 6., 2009. Montes Claros. Biodiesel: inovação tecnológica - anais. Lavras: UFLA, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
| |
| 13. | | HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 110. X-meeting 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 14. | | DI GIOVANNI, P. C.; COSTA, G. G. G.; OLIVEIRA, H. T.; PRIMAVESI, O. M. A. S. P. R.; FILHO, J. D. R. A bacia hidrográfica como unidade de estudo no desenvolvimento de um projeto de educação ambiental em uma escola pública de São Carlos, SP. In: CONGRESSO E FEIRA PARA USUÁRIOS DE GEOPROCESSAMENTO DA AMERICA LATINA-GIS BRASIL'99, 5., Salvador, BA, 1999. Anais.... Curitiba: Ed. Sagres/Fatorgis, 1999. 9 p.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 15. | | LIMA JÚNIOR, J. A. de; PEREIRA, G. M.; GEISENHOFF, L. O.; COSTA, G. G.; REIS, R. P.; OLIVEIRA, L. F. C. de. Avaliação econômica da produção de alface americana em função de lâminas de irrigação. Ciência e Agrotecnologia, Lavras, v. 35, n. 2, p. 392-398, mar./abr. 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
| |
| 16. | | ABREU, T. B.; NUNES, G. H. de S.; DANTAS, M. S. M.; COSTA FILHO, J. H. da; COSTA, G. G.; ARAGAO, F. A. S. de. Fenologia floral, viabilidade do grão de pólen e receptividade do estigma do meloeiro. Proceedings of the Interamerican Society for Tropical Horticulture, v. 52, p. 43-46, 2008.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
|  |
| 17. | | LIMA JÚNIOR, J. A. de; PEREIRA, G. M.; GEISENHOFF, L. O.; COSTA, G. G.; VILAS BOAS, R. C.; YURI, J. E. Efeito da irrigação sobre o rendimento prod utivo da alface americana, em cultivo protegido. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v.14, n.8, p.797–803, ago., 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
| |
| 18. | | COSTA, G. G. S. da; COSTA, E.; CARDOSO, E. D.; BINOTTI, F. F. da S.; ZUFFO, A. M.; JORGE, M. H. A.; ZOZ, T. Substrates to produce Jambolan (Syzygium cumini) seedlings. Australian Journal of Crop Science, v. 12, n. 12, p. 1997-2003, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
| |
| 19. | | PINHEIRO, E. B.; MEDEIROS, A. C.; MOREIRA, M. A. B.; GUERRA, A. G.; NUNES, G. H. de S.; DANTS, D. J.; COSTA FILHO, J. H.; COSTA, G. G. Reação de cultivares de banaeira ao "moleque" da bananeira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Anais... Natal: SBF, 2010. Artigo em anais.| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
| |
| 20. | | HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 119. X-meeting 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| Registros recuperados : 38 | |
|
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
02/12/2010 |
|
Data da última atualização: |
15/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
REIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. |
|
Afiliação: |
LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE, CENAPAD/UNICAMP; LGE/UNICAMP. |
|
Título: |
RNA-seq: the need for biological replicates. |
|
Ano de publicação: |
2010 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
|
Páginas: |
p. 194. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
AB3C X-meeting 2010. |
|
Conteúdo: |
RNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity to detect differentially expressed genes, showing that the replacement of microarrays by RNA-seq does not justify the use of an inferior experimental design. MenosRNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity t... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Repetições biológicas; RNA sequences; Sequências de RNA. |
|
Thesaurus NAL: |
Sequence analysis. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02407nam a2200229 a 4500
001 1868535
005 2020-01-15
008 2010 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aREIS, O.
245 $aRNA-seq$bthe need for biological replicates.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.]$c2010
300 $ap. 194.
500 $aAB3C X-meeting 2010.
520 $aRNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity to detect differentially expressed genes, showing that the replacement of microarrays by RNA-seq does not justify the use of an inferior experimental design.
650 $aSequence analysis
653 $aRepetições biológicas
653 $aRNA sequences
653 $aSequências de RNA
700 1 $aCOSTA, G. G. L.
700 1 $aHERAI, R. H.
700 1 $aCARAZZOLLE, M. F.
700 1 $aPEREIRA, G. A. G.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
